Selvas Amazónicas tiene un compromiso especial con el Vicariato Apostólico de Puerto Maldonado, que atiende las necesidades pastorales de toda la región de Madre de Dios, Alto Urubamba y Bajo Urubamba.

Desde el Vicariato Apostólico, se apoya el trabajo particular que hace cada una de las parroquias de la zona con visitas a las Comunidades Cristianas, los Cursillos de Formación Cristiana y Bíblica, la acción pastoral con jóvenes, la creación de espacios diversos para profundizar la experiencia de fe, etc.

Además, el propio Obispado en su compromiso social como iglesia, requiere que el obispo esté presente en las diferentes zonas pastorales para dinamizarlas junto con el equipo de vicarios que le acompaña; así como mantener el centro de atención del VAPM con sus oficinas y entidades. Todo esto con la intención de potenciar la pastoral en las tres zonas que abarca el vicariato, dotando de los medios necesarios para la coordinación y las asambleas zonales y del clero.

Por último, el vicariato cuenta con una Oficina de Derechos Humanos, que quiere dar respuesta a muchas de las situaciones de pobreza y vulnerabilidad en que se encuentran la población que atiende el vicariato y que deriva en: familias desintegradas, trata de personas, mujeres abandonadas, insatisfacción de las necesidades básicas (alimentación, salud, educación, vivienda) así como la falta de oportunidades que impide y obstaculiza la vida digna para las personas. Aunque existen instituciones civiles (ONGs), que desde su propia identidad atienden uno u otro aspecto de esta realidad, la Iglesia por su propia identidad y compromiso con los más vulnerables no puede eludir en su acción pastoral esta realidad.